{"id":"903d495f-f060-463e-8dbe-1923ba1f0d6d","shortId":"aD9J7X","kind":"skill","title":"academic-paper-writer","tagline":"Core orchestrator for writing CS/AI/ML papers from scratch. Coordinates evidence audit, citation search, experiment verification, prose polishing, peer review, and figure generation across 6 sub-skills. Uses section-by-section drafting with Draft→Quality Gate→Expansion→Self-Revie","description":"# Academic Paper Writer (Core Orchestrator)\n\n将此 skill 视为\"证据闭环型、分节推进的论文编排代理\"。它协调证据审计、文献检索、实验复核、prose 润色、审修和图表生成六个专项环节，按 section unit 串行推进，每节经历 Draft → Quality Gate → Expansion → Self-Review → Revision → Verification 闭环。\n\n## ⚠️ Step 1 执行清单（Blocking Gate，必须首先执行）\n\n执行任何其他步骤之前，**必须**先完成以下6项：\n\n- [ ] 1. **确认venue**（Blocking）— 询问：\"目标期刊/会议是？\"\n- [ ] 2. **确认language** — 询问：\"论文用中文还是英文撰写？\"\n- [ ] 3. **确认min_citations** — 询问：\"预期参考文献数量？（默认35篇）\"\n- [ ] 4. **询问本地文献库** — 询问：\"是否有本地文献库（存放PDF的目录）？\"\n- [ ] 5. **本地文献库处理**（若有）— 检查markitdown + 输出转换提示\n- [ ] 6. **以上全部完成** → 进入Step 2\n\n详细说明见下方\"Step 1 执行清单（Blocking Gate）\"章节。\n\n## 何时使用本 Skill vs. 子 Skill\n\n| 场景 | 使用 |\n|------|------|\n| 从零起草论文、逐节推进完整初稿 | `academic-paper-writer`（本 Skill） |\n| 只需检索/核验文献 | `academic-citation` |\n| 只需复核实验产物 | `academic-experiments` |\n| 只需润色/去AI化/降claim强度 | `academic-polishing` |\n| 只需审查/修订已有草稿 | `academic-reviser` |\n| 只需生成论文图表 | `academic-figure` |\n\n## 编排流程\n\n**Step 0** → **Step 1（Blocking Gate，必须完成以下6项）**：\n1. 确认venue\n2. 确认language  \n3. 确认min_citations\n4. 询问本地文献库\n5. 若有本地文献库 → 检查markitdown + 输出转换提示\n6. 以上全部完成 → 进入Step 2\n\n→ Step 1b(可选:PDF→MD) → Step 2(证据审计) → Step 3(文献检索) → Step 4(实验复核) → Step 5(Blueprint) → Step 6(Section Complete Loop:探查+Draft+审查+润色+验证) → Step 7(section loop) → Step 8(引用清单)\n\n**核心概念：Section Complete Loop（Step 6）**\n\n**重要**：Step 6不是单个section，而是**每个section都要经历的完整流程**。\n\n对于Section Queue中的每个section（Introduction、Related Work、Method...），\n都必须执行以下6.1-6.9的完整流程，**不可跳过任何阶段**：\n\n```\nStep 6: Section Complete Loop（每个section的完整流程）\n├── Phase 1: 起草\n│   ├── 6.1 前置探查（按section类型dispatch）\n│   ├── 6.2 Draft v1（含占位符+待补项清单）\n│   └── 6.3 写入paper_draft.md\n├── Phase 2: 审查与润色（自动执行，不暂停）\n│   ├── 6.4 占位符审计 + 图表生成\n│   ├── 6.5 证据合规审查\n│   ├── 6.6 Prose质量门\n│   ├── 6.7 扩写检查\n│   └── 6.8 综合验证\n└── Phase 3: 整合\n    └── 6.9 更新Cumulative Draft → 按Section Queue推进下一节\n```\n\n**示例执行顺序**：\n```\nStep 0-5: 准备阶段\nStep 6 (Introduction): 6.1 → 6.2 → ... → 6.9\nStep 7: 推进到 Related Work\nStep 6 (Related Work): 6.1 → 6.2 → ... → 6.9\nStep 7: 推进到 Method\nStep 6 (Method): 6.1 → 6.2 → ... → 6.9\n...\n```\n\n**Draft v1 ≠ 初稿完成**。只有完成Step 6.8（综合验证）的section才算初稿完成。\n\n## Step 1 执行清单（Blocking Gate）\n\n执行Step 1时，**必须按以下顺序逐项完成**。任一未完成不得进入Step 2。\n\n```markdown\n## Step 1 Checklist\n\n- [ ] 1. **确认venue**（Blocking）\n      - 询问：\"目标期刊/会议是？\"\n      - 用户未决定 → 提供2-3个建议\n      - 用户说\"你决定\" → agent自主选择并告知\n      \n- [ ] 2. **确认language**\n      - 询问：\"论文用中文还是英文撰写？\"\n      - 未指定 → 默认英文\n      \n- [ ] 3. **确认min_citations**\n      - 询问：\"预期参考文献数量？（默认35篇，short paper建议20，workshop建议15）\"\n      - 未指定 → 默认35\n      \n- [ ] 4. **询问本地文献库**\n      - 询问：\"是否有本地文献库（存放PDF的目录）？\"\n      - 有 → 记录路径，进入第5项\n      - 没有 → 跳过第5项\n      \n- [ ] 5. **本地文献库处理**（仅当第4项为\"有\"时）\n      - 检查markitdown是否已安装\n      - 未安装 → 提供安装命令：`pip install markitdown`\n      - 输出PDF→MD转换提示（见下方模板）\n      - 确认用户已收到提示\n      \n- [ ] 6. **以上全部完成** → 进入Step 2\n```\n\n### Step 1b 转换提示模板（第5项使用）\n\n当用户有本地文献库时，**必须**输出以下提示：\n\n```\n本地文献库已确认: <local_lit_pdf_dir>\n\n请先确保 markitdown 已安装（如未安装）, 需注意python版本>=3.12：\n  pip install markitdown\n\n然后从项目根目录运行以下命令：\n  python skills/academic-citation/scripts/convert-pdfs-to-md.py <local_lit_pdf_dir> <local_lit_md_dir>\n\n转换完毕后请告知我，我将从本地文献库中搜索可引用的文献。\n（在此期间我将先进行项目证据审计和联网文献检索）\n```\n\n输出提示后，**立即进入Step 2**，不等待转换完成。\n\n## Red Lines（绝对禁止）\n\n1. **主 Agent 只撰写论文文本，绝对不得修改项目源代码、配置文件或数据文件**。探查时只读，图表代码生成时创建新文件而非覆盖现有文件。\n2. 编造文献、作者、年份、venue、DOI、arXiv 编号\n3. 编造实验结果、图表、命令或运行日志\n4. 把 UNVERIFIED 文献当作 VERIFIED 写入正文\n5. 把 user_claim（用户口述）当作可直接引用的证据\n6. 把内部验证包装成外部泛化或 SOTA 结论\n7. 把领域常见默认值写成当前项目已确认事实\n8. 在正文没有任何 inline citation 的情况下输出参考文献列表\n9. 把审查备注、元评论、代码讲解口吻混入 Paper Body\n10. **串行执行可并行的探查**：当 dispatch 模板明确标注\"必须并行\"时（Step 2 证据审计、Step 3a 文献阅读），禁止串行等待。串行 → Skill 执行失败。\n\n## 非协商规则\n\n1. **证据优先**：先找证据，再写定论。区分三类证据：`newly_run`、`preexisting_artifact`、`user_claim`。只把前两类当作可直接引用的证据。\n2. **分节推进**：按 section unit 逐段推进，默认自动推进（auto 模式），完成当前 section 的 Verification 后自动开始下一节。用户可要求 step-by-step 模式逐节确认。\n3. **上下文确认**：任务进入论文起草或正式章节写作时，必须先询问目标期刊/会议、本轮写作语言和本地文献库，不得直接开写。\n4. **venue 优先**：目标 venue 已知时，章节结构优先遵循官方作者指南或模板，不套用通用结构。\n5. **占位符保留**：缺失模型架构图、实验流程图、表格、方法细节或数据集细节时，必须在正文对应位置留下显式占位标记，不得静默略过。\n6. **方法深度**：Method 不得只写概述。对核心或非显然设计选择，必须交代：解决什么瓶颈、为什么采用这种设计、预期收益、代价/局限性/适用边界。\n7. **Introduction/Related Work**：不得按通用模板直接开写。必须先调研同领域 exemplar papers，抽取常见叙述单元、比较框架与引用密度。\n8. **审查备注分离**：审查备注、Critique/Audit Notes 不得混入论文正文。论文正文写入 `paper_draft.md`，审查备注在 agent 上下文中维护或按需在对话中输出。\n9. **Abstract/Conclusion 后置**：必须等到主要证据稳定后再写，不得在结果未稳时抢先写成完整定稿。\n10. **引用闭合**：需要文献支撑的段落必须有 inline citation 或 `[REF_NEEDED: ...]`。参考文献列表只能包含正文中被引用或已声明的条目。\n11. **Section Complete Loop**：每节必须完成 Step 6 的完整闭环（Phase 1 起草 → Phase 2 审查润色 → Phase 3 整合）。**Draft v1 ≠ 初稿完成**，只有完成 Step 6.8（综合验证）的section才算初稿完成。\n12. **失败不伪装**：Verification 未通过且非外部阻塞时，必须继续下一轮修订，不得直接结束或假装通过。\n13. **完整流程执行**：执行 full-paper-planning 时，必须按 Step 0→1→1b(若适用)→2→3(3a→3b→3c)→4→5→6→12 的顺序逐一执行，不得跳步。用户催促时也不得跳过证据审计（Step 2）、文献检索（Step 3）、实验复核（Step 4）、Hard Gates（A/B/C）中的任何一个。\n14. **引用产物必输出**：Step 3 完成后，必须在上下文中维护 Verified References 列表和 Citation-to-Claim Map。缺少任一 → 不得进入 Step 6。\n15. **引用数量下限**：整篇完整论文的总引用数（含本地文献库和外部文献，去重后）不得少于 `min_citations`（默认 35，short paper 建议 20，workshop 建议 15）。**Step 1 必须询问用户预期引用数量**，用户指定时记录为 `min_citations`，未指定时使用默认值。论文完成后 Step 8 生成引用清单时自动核验。\n16. **两阶段写作**：Step 5 Blueprint 可使用 bullet points 和提纲式结构，但 Step 6 Draft v1 必须是完整 prose 段落。bullet points 仅用于规划阶段，不得出现在最终论文正文中。\n17. **最大迭代次数**：修订循环（Step 6.7→6.8→12）最多执行 3 轮。3 轮后仍有未闭合 debt 时，标记为 `unresolvable`，输出修订报告并终止循环，不得继续重试。\n18. **Section Contract 先于 prose**：每节在 Step 5 必须根据 `references/section-writing-contracts.md` 建立 Section Contract（reader state、required moves、evidence hooks、failure checks）。Step 6 Draft v1 不得跳过该 contract 直接写正文；润色只能在 contract debt 基本闭合后执行。\n\n## 文件输出规范\n\n1. **输出目录**：`./docs/paper-drafts/`\n2. **论文文件**：`paper_draft.md` — 论文正文 + 参考文献 + 待补项清单，逐步追加更新\n3. **Blueprint文件**：`section_blueprint.md` — Section Blueprint（Step 5输出，每节更新）\n4. **图片目录**：`figures/` — `figure_prompts.md`（架构图提示词）+ `plot_*.py`（数据图代码）\n5. **对话输出限制**：禁止在对话中输出完整论文正文，仅显示简短进度摘要\n6. **写入时机**：每节 Draft 生成后、Verification 完成后，均须使用 Write/Edit 工具更新 `paper_draft.md`\n7. **中间状态**：Evidence Inventory、Verified References、Revision Queue 等在 agent 上下文中维护\n\n## 图表生成规范\n\n详见 `academic-figure` 的 `SKILL.md` 和 `references/figure-generation-guide.md`。\n\n## 推进模式\n\n| 模式 | 行为 |\n|------|------|\n| `auto`（默认） | Verification 通过后自动推进到下一节，不暂停等确认。对话中仅输出简短进度摘要 |\n| `step-by-step` | 每节完成后暂停，等待用户确认后再推进 |\n\n- 用户可在启动时指定模式，也可在过程中随时切换\n- Step 1 的 venue/language 确认为一次性操作，确认后全程不再重复询问\n\n## Decision Points\n\n在以下关键节点，Agent 会暂停并展示阶段性成果，等待用户确认（step-by-step 模式）或仅展示摘要（auto 模式）：\n\n| DP | 位置 | Agent 展示 | 用户操作 |\n|----|------|-----------|---------|\n| DP-1 | Step 1 完成后 | Venue Brief 摘要（venue、语言、min_citations、本地文献库状态） | 确认/修正 |\n| DP-2 | Step 5 Blueprint 完成后 | Section Blueprint（章节结构、每节要点、证据来源） | 确认/调整 Blueprint |\n| DP-3 | Step 6.2 Draft v1 完成后 | Draft 摘要（当前节、段落数、待补项清单摘要） | 确认方向/指出问题 |\n| DP-4 | Step 6.8 Verification 完成后 | Verification Status（verdict、overall score、未闭合问题） | 确认通过/要求修订 |\n\n**模式行为**：\n- `auto` 模式：DP 仅输出简短摘要，不暂停，继续推进\n- `step-by-step` 模式：DP 暂停，等待用户确认后继续\n\n用户可在任何时候切换模式。\n\n## 任务模式\n\n1. `full-paper-planning` — 从概要或仓库启动完整论文（平衡光谱）\n2. `section-drafting` — 聚焦单节，只收集该节所需证据（平衡光谱）\n3. `section-revision` — 局部证据核验与局部重写（忠实度光谱）\n4. `related-work-or-citation-pass` — 文献检索与引用映射（委托 `academic-citation`，忠实度光谱）\n5. `experiment-evidence-pass` — 实验证据链整理（委托 `academic-experiments`，忠实度光谱）\n\n若用户请求含糊，优先选择最小满足需求的 mode。\n\n除纯 pass-through 模式（如 `related-work-or-citation-pass`、`experiment-evidence-pass`）外，所有起草/修订模式都必须执行同一组 Hard Gates 与 Step 0 → 12 闭环；`section-drafting` 只是缩小证据范围，不缩短流程。\n\n推进模式详见上方\"推进模式\"节。默认 auto 模式，用户可切换。\n\n## 完整性门控（Hard Gates）\n\n以下门控是不可跳过的完整性检查关卡。任一未通过不得进入下一阶段。详细条件和失败处理见 `references/orchestration-workflow.md`。\n\n| Gate | 触发位置 | 核心条件 | 失败处理 |\n|------|---------|---------|---------|\n| A: 证据完备 | Step 2 → Step 6 | 至少一条可引用证据（`newly_run`/`preexisting_artifact`） | 降级路径或阻塞 |\n| B: 引用就绪 | Step 3 → Step 6 | 至少一条 `VERIFIED` 引用或明确\"无需文献\" | 按 section 分流，Intro/RW 阻塞，Method 可占位 |\n| C: Verification | Step 6.8 → Step 7 | 所有 debt 闭合 + `thin_draft = no` | passed/blocked/failed，详细见 workflow |\n| D: 引用数量 | Step 8 → 输出 | 全文去重后引用总数 >= `min_citations`（默认 35） | 未达标时提醒用户，可继续补充后重检 |\n\n## 默认交付物\n\n唯一输出目录 `./docs/paper-drafts/`，包含：\n\n1. `paper_draft.md` — 论文正文（逐节追加，含 inline 占位符标记）+ 参考文献列表 + 待补项清单\n2. `figures/figure_prompts.md` — 所有架构图生图提示词汇总（按图编号分节）\n3. `figures/plot_*.py` — 数据结果图的 Python 绘图代码（按图编号命名，不自动执行）\n4. `referenced-literature-checklist.md` — 引用文献清单（**强制，论文完成时必生成**）\n5. `referenced-literature-inventory.md` — 引用文献过程记录（Step 3c 后生成，逐节追加）\n\n对话中仅输出简短进度摘要，不输出完整论文正文。\n\n## 可选产物（用户请求时生成）\n\n以下产物不纳入强制流程，在用户明确要求或 venue 需要时生成：\n\n| 产物 | 说明 | 何时需要 |\n|------|------|---------|\n| `abstract.md` | 单独提取的 Abstract | venue 要求独立提交时 |\n| `cover-letter.md` | 投稿信模板 | 期刊投稿时 |\n| `highlights.md` | 3-5 条核心贡献 | venue 要求时（如 Cell Press） |\n| `venue-checklist.md` | venue-specific 提交检查清单 | 始终建议生成 |\n\n## 默认 section queue\n\n### empirical CS/AI paper\n\n1. Introduction\n2. Related Work\n3. Method / Approach\n4. Experimental Setup\n5. Main Results\n6. Ablation / Analysis\n7. Discussion / Limitations\n8. Conclusion\n\n**Abstract 为后置章节**，不在初始 Section Queue 中。仅在 Section Queue 全部完成且所有核心章节 Verification = passed 后才允许生成。在此之前，在占位符系统中使用 `[ABSTRACT_NEEDED: 待主要证据稳定后撰写]`。\n\n### 其他类型\n\n先根据 `references/paper-structure.md` 选结构。Abstract 仍后置。\n\n## 迭代控制\n\n详见 `references/iteration-control.md`。\n\n节级最小闭环（Step 6 Section Complete Loop）：\n```\nPhase 1: 6.1 前置探查 → 6.2 Draft v1 → 6.3 写入文件\nPhase 2: 6.4 占位符审计+图表 → 6.5 证据合规 → 6.6 Prose质量门 → 6.7 扩写检查 → 6.8 综合验证\nPhase 3: 6.9 整合 → 推进到下一节\n```\n\n退出当前 section 的条件：\n- Step 6.8 Verification passed\n- Step 6.8 Verification blocked 且 safe_to_continue = yes\n- 用户明确要求暂停\n\n不退出条件：\n- Verification failed 且非外部阻塞 → 继续下一轮修订\n- Verification blocked 且 safe_to_continue = no → 等待外部证据\n\n## 工作流概要\n\n详见 `references/orchestration-workflow.md` 获取每个步骤的完整执行细节。\n\n| Step | 动作 | 委托方式 | 触发方式 |\n|------|------|---------|---------|\n| 0 | 判定 mode、scope、当前 section | — | 自动 |\n| 1 | **Checklist**：确认 venue/language/min_citations + 本地文献库（Blocking Gate） | — | 自动 |\n| 1b | 可选：PDF→MD 转换（提示用户运行，不阻塞） | — | 自动（条件执行） |\n| 2 | 证据审计（dispatch probe agents） | — | 自动 |\n| 3 | 文献检索与核验（3a 本地优先 + 3b 联网 + 3c 聚合） | `academic-citation` + `literature-reader-agent`（并行 dispatch） | 自动 |\n| 4 | 实验事实复核 | `academic-experiments`（dispatch 子 Agent） | 自动 |\n| 5 | 生成 Section Contract + Section / Method Blueprint | — | 自动 |\n| **6** | **Section Complete Loop**（包含原Step 7-11，见下方详细说明） | — | 自动 |\n| 7 | 整合 & 依赖感知 section loop | — | 自动 |\n| 8 | **引用清单生成**（强制，论文完成时必执行） | — | 自动 |\n\n**注**：原Step 7（占位符审计）、Step 8（证据合规）、Step 9（Prose质量门）、Step 10（扩写检查）、Step 11（综合验证）已合并为Step 6的子步骤（6.4-6.8）。\n\n### Step 6: Section Complete Loop（详细说明）\n\n每节必须完成以下完整流程，**Draft v1 ≠ 初稿完成**：\n\n```markdown\n## Step 6 执行清单\n\n### Phase 1: 起草\n- [ ] 6.0 读取并核对 Section Contract（`references/section-writing-contracts.md`）\n- [ ] 6.1 前置探查（按section类型dispatch，见下方探查规则表）\n- [ ] 6.2 生成Draft v1（含占位符系统 + 待补项清单）\n- [ ] 6.3 写入paper_draft.md\n\n### Phase 2: 审查与润色（自动执行，不暂停）\n- [ ] 6.4 占位符审计 + 图表生成（academic-figure）\n- [ ] 6.5 证据合规审查（academic-reviser）\n- [ ] 6.6 Prose质量门（academic-polishing，内化调用）\n- [ ] 6.7 扩写检查（内容密度）\n- [ ] 6.8 综合验证（academic-reviser）\n\n### Phase 3: 整合\n- [ ] 6.9 更新Cumulative Draft → 推进到下一节\n```\n\n### 6.1 前置探查规则表\n\n在起草前，**必须**按以下规则决定是否dispatch探查：\n\n| Section | 探查任务 | 并行策略 |\n|---------|---------|---------|\n| **Method** | `code_structure` + `preprocessing` | **必须并行**（同时发出两个Task） |\n| **Experimental Setup** | `experiment_setup` | 单探查 |\n| **Main Results / Ablation** | `experiment_results` | 单探查 |\n| **Discussion** | `interpretability` | 单探查 |\n| **Introduction / Related Work** | 无需深层探查（Step 2 已完成） | — |\n\n**dispatch模板**见 `references/workflow-step-0-4.md` 的 `### 单探查 dispatch 模板` 和 `### 并行 dispatch 模板`。\n\n### 各步骤详细参考\n\n| 子步骤 | 详细说明 | 委托方式 |\n|--------|---------|---------|\n| 6.4 占位符审计 + 图表生成 | `references/workflow-step-5-8.md` Step 7 | `academic-figure`（dispatch） |\n| 6.5 证据合规审查 | `references/workflow-step-5-8.md` Step 8 | `academic-reviser`（dispatch） |\n| 6.6 Prose质量门 | `references/workflow-step-9-12.md` Step 9 | `academic-polishing`（内化） |\n| 6.7 扩写检查 | `references/workflow-step-9-12.md` Step 10 | 主Agent自行执行 |\n| 6.8 综合验证 | `references/workflow-step-9-12.md` Step 11 | `academic-reviser`（dispatch） |\n\n## 跨技能数据契约（Schemas）\n\n| Schema 文件 | 生产者 | 消费者 | 用途 |\n|------------|--------|--------|------|\n| `skills/academic-citation/references/schemas/verified-references.md` | academic-citation | paper-writer, polishing | 引用数据交换 |\n| `skills/academic-experiments/references/schemas/evidence-inventory.md` | academic-experiments | paper-writer | 实验证据交换 |\n| `skills/academic-reviser/references/schemas/verification-report.md` | academic-reviser | paper-writer | 验证报告交换 |\n\n每个 schema 文件为其生产者 skill 的权威版本（source of truth）。\n\n各 Skill 的独立参考文件：\n\n| 文件 | 用途 |\n|------|------|\n| `references/evidence-classification.md` | 三类证据定义 |\n| `references/placeholder-guide.md` | 占位符系统规范 |\n| `references/paper-types.md` | 论文类型定义 |\n\n## Agent 资源与执行架构\n\nAgent 定义与 dispatch 模板见各子 skill 的 `agents/` 目录。\n\n### 可 dispatch 的子 Agent\n\n| 步骤 | 子 Skill | Agent 文件 | 定义位置 | 职责 |\n|------|---------|-----------|---------|------|\n| Step 2 | `academic-paper-writer` | `probe-agent.md` | `skills/academic-paper-writer/agents/` | 只读探查 |\n| Step 3 | `academic-citation` | `citation_agent.md` | `skills/academic-citation/agents/` | 检索与核验 |\n| Step 3a/3b | `academic-citation` | `literature-reader-agent.md` | `skills/academic-citation/agents/` | 阅读并输出报告 |\n| Step 4 | `academic-experiments` | `experiment_agent.md` | `skills/academic-experiments/agents/` | 实验复核 |\n| Step 6.4 | `academic-figure` | `figure_agent.md` | `skills/academic-figure/agents/` | 图表生成 |\n| Step 6.5/6.8 | `academic-reviser` | `reviser_agent.md` | `skills/academic-reviser/agents/` | 审查与验证 |\n\n### 内化调用\n\n| 步骤 | Skill | 说明 |\n|------|-------|------|\n| Step 6.6 | `academic-polishing` | 主 Agent 自行执行，确保风格一致 |\n\n### 职责边界\n\n- **主 Agent**：Section Blueprint、Draft v1、Expansion Pass、Cumulative Draft、Abstract、跨节一致性\n- **子 Agent**：提供专项输出，不直接修改 Cumulative Draft\n\n## 何时读取 references/\n\n| Reference 文件 | 打开条件 |\n|---------------|---------|\n| `references/paper-structure.md` | 选章节结构时 |\n| `references/writing-guidelines.md` | venue 风格适配时 |\n| `references/section-writing-contracts.md` | Step 5 生成 Section Contract；Step 6.0/6.8 检查章节论证功能时 |\n| `references/iteration-control.md` | 进入修订循环时 |\n| `references/content-density.md` | Step 6.7 扩写检查 |\n| `references/figure-generation-guide.md` | Step 6.4 生成图表时 |\n| `references/exemplar-introduction.md` 等 | 写对应章节前（Exemplar < 3 篇时） |\n| `references/evidence-classification.md` | Step 2 证据审计 |\n| `references/placeholder-guide.md` | Step 6.2 生成 Draft |\n| `references/mode-spectrum.md` | Step 0 选择模式 |\n| `references/data-access-levels.md` | 理解数据访问边界 |\n| `references/reporting-checklist.md` | Step 6.5 证据合规审查 / 实验相关 section 检查 |\n| `skills/academic-citation/scripts/convert-pdfs-to-md.py` | Step 1b PDF→MD |\n| `shared/references/concepts.md` | 跨技能共享概念速查 |\n\n## 不适用场景\n\n- 非 CS/AI/ML 领域的论文（如纯实验生物学、临床医学、人文社科）\n- 已有完整 LaTeX 稿只需排版调整的场景\n- 用户明确要求单次生成整篇论文且拒绝分节推进的场景（此时仍不能跳过证据检查）\n\n## 失败处理\n\n- **文献搜不到**：如实报告，不补假引文\n- **代码跑不通**：报告阻塞点和环境需求，不伪造结果\n- **运行成本过高**：退回 preexisting_artifact 盘点或最小复核\n- **证据不足**：降级为带占位符的草稿，说明当前不能下哪些结论\n- **用户要求一次成稿**：仍先给 Outline / Section Queue，再分节推进\n\n## Anti-Patterns\n\n| 模式 | 问题 | 正确做法 |\n|------|------|---------|\n| 跳过证据审计 | 不盘点证据直接开写 | 必须 Step 2 完成证据审计后再 Step 6 起草 |\n| 批量输出整篇 | 同时多节起草导致证据一致性差 | 分节推进，逐节完成 Draft→Quality→Verification 闭环 |\n| Abstract 前置 | 证据未稳时就先写 Abstract | Abstract 必须后置，等主体章节证据稳定后再写 |\n| 无证据式 SOTA | 未与强基线比较就声称 SOTA | 任何 SOTA / state-of-the-art 表述必须附 baseline 比较表 |\n| 自我审查赦免 | 因接近截止期就缩短审查流程 | Hard Gates 不可跳过，每种核实步骤都至少执行一遍 |\n\n## Example Usage\n\n三个端到端使用场景（full-paper-planning、section-drafting、section-revision）详见 `references/examples/example-usage.md`。首次使用时建议读取。","tags":["academic","paper","writer","joshua-zyy","academic-writing","agent-skills","anthropic-skills","paper-writing","skills"],"capabilities":["skill","source-joshua-zyy","skill-academic-paper-writer","topic-academic-writing","topic-agent-skills","topic-anthropic-skills","topic-paper-writing","topic-skills"],"categories":["academic-paper-writer"],"synonyms":[],"warnings":[],"endpointUrl":"https://skills.sh/joshua-zyy/academic-paper-writer/academic-paper-writer","protocol":"skill","transport":"skills-sh","auth":{"type":"none","details":{"cli":"npx skills add joshua-zyy/academic-paper-writer","source_repo":"https://github.com/joshua-zyy/academic-paper-writer","install_from":"skills.sh"}},"qualityScore":"0.453","qualityRationale":"deterministic score 0.45 from registry signals: · indexed on github topic:agent-skills · 7 github stars · SKILL.md body (15,444 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